Modellezés a HIV-fertőzés kutatásában és az immunológiában  részletek

súgó  nyomtatás 
vissza »

 

Projekt adatai

 
azonosító
45948
típus PD
Vezető kutató Müller Viktor
magyar cím Modellezés a HIV-fertőzés kutatásában és az immunológiában
Angol cím Mathematical modelling in the study of HIV infection and immunology
zsűri Szupraindividuális Biológia
Kutatóhely MTA-ELTE Elméleti Biológiai és Evolúciós Ökológiai Kutatócsoport (Eötvös Loránd Tudományegyetem)
projekt kezdete 2003-10-01
projekt vége 2006-12-31
aktuális összeg (MFt) 19.639
FTE (kutatóév egyenérték) 0.00
állapot lezárult projekt





 

Zárójelentés

 
kutatási eredmények (magyarul)
A publikált eredményeket összegzem röviden. 1. Összehasonlító genomanalízis segítségével megvizsgáltam, hogy a retrovírusok genomösszetételét mennyiben befolyásolhatta a nemrég felfedezett APOBEC3 enzimcsalád, amely guanin->adenin hipermutációt indukál az ilyen enzimekkel rendelkező gazdafajokat fertőző vírusokban. Taxonómiai összehasonlítások és az APOBEC3 enzimek hatásmechanizmusán alapuló tesztek segítségével kimutattam, hogy a retrovírusok eltolódott guanin:adenin aránya valószínűleg nem az APOBEC3-rendszer eredményeként alakult ki, hanem a reverz transzkripció általános sajátságát tükrözi. 2. A svájci HIV-járvány részletes adatbázisát felhasználva kimutattam, hogy az új fertőzések súlyossága (virulenciája) nem változott az elmúlt két évtized során. Ez az eredmény arra utal, hogy a HIV virulenciája nem evolválódik (ezen az időskálán) észlelhető sebességgel. 3. Tesztelhető evolúciós forgatókönyvet publikáltam a SIV-vírusok és gazdafajaik koevolúciójáról, ami a jelenleg megfigyelhető tünetmentes SIV-fertőzésekhez vezetett. Az elmélet a HIV-fertőzés patogenezisének megértésében is szerepet játszhat.
kutatási eredmények (angolul)
Below I provide a summary of the published results. 1. I performed a comparative genome analysis to determine whether the genomic composition of retroviruses has been affected by the recently discovered mammalian APOBEC3 enzyme family, which induces G-to-A hypermutation in these viruses. Using taxonomical comparisons and tests based on the biochemical properties of APOBEC3 action, I demonstrated that the guanine–adenine bias of retroviruses is probably not a result of host-induced mutational pressure, but rather reflects a general predisposition associated with reverse transcription. 2. Using extensive data from the HIV epidemic of Switzerland, I demonstrated that the severity (virulence) of newly acquired, untreated infections has not been changing over the last two decades. This result implies that the virulence of HIV is not evolving at a rate perceptible on this time scale. 3. I proposed a testable evolutionary scenario for the coevolution of SIV viruses and their natural host species, which has lead to the current benign infection of these hosts. This hypothesis bears significance for the understanding of the pathogenesis of HIV infections.
a zárójelentés teljes szövege http://real.mtak.hu/1264/
döntés eredménye
igen





 

Közleményjegyzék

 
Müller, V., Bonhoeffer, S.: Guanine–adenine bias: a general property of retroid viruses that is unrelated to host-induced hypermutation, Trends Genetics, 21, 264-268., 2005
Müller, V., Ledergerber, B., Perrin, L., Klimkait, T., Furrer, H., Telenti, A., Bernasconi, E., Vernazza, P., Günthard, H. F., Bonhoeffer, S., and the Swiss HIV Cohort Study: Stable virulence levels in the HIV epidemic of Switzerland over two decades, AIDS, 20, 889-894., 2006
Müller, V., De Boer, R. J.: The integration hypothesis: an evolutionary pathway to benign SIV infection, PLoS Pathog 2(3), e15., 2006
Kornai, J., Bodem, J., Müller, V.: Covariation Analysis of the Amino Acid Sequence of HIV-1 Subtype B Protease and its Gag-Pol Cleavage Sites, World AIDS Day - China, 2006 Conference Book, 2006





 

Projekt eseményei

 
2013-02-04 11:54:00
Kutatóhely váltás
A kutatás helye megváltozott. Korábbi kutatóhely: Növényrendszertani, Ökológiai és Elméleti Biológiai Tanszék (Eötvös Loránd Tudományegyetem), Új kutatóhely: ELTE-MTA Elméleti Biológiai és Ökológiai Kutatócsoport (Eötvös Loránd Tudományegyetem).




vissza »